Свое решение Онопенко обосновывает тем, что пребывание председателя Верховного Суда в составе Совета национальной безопасности и обороны не отвечает его правовому статусу, определенному статьей 107 Конституции Украины.
Согласно этой статье, СНБО образуется при президенте Украины для координации и контроля деятельности органов исполнительной власти в сфере национальной безопасности и обороны. Это решение также обусловливается необходимостью обеспечения реализации конституционного принципа разделения государственной власти на законодательную, исполнительную и судебную.
В то же время Онопенко отмечает, что в пределах определенных законом полномочий и в дальнейшем будет прилагать максимум усилий для утверждения в Украине справедливого правосудия, создания эффективной и доступной для людей судебной системы с целью обеспечения надежной защиты конституционных прав и свобод человека и гражданина как основных объектов национальной безопасности.
Василий Онопенко был утвержден в должности председателя ВСУ 29 сентября 2006 года пленум Верховного Суда Украины утвердил в должности председателя ВСУ.
12 февраля 2007 года президент своим Указом ввел Онопенко в состав СНБО.