С 20 сентября 2006 года Науменко работал заместителем гендиректора "Укрзализныци". На руководящих должностях в "Укрзализныце" Науменко пребывает с 1998 года, до этого был начальником отдела перевозок Приднепровской железной дороги.
8 ноября Кабинет министров уволил Владимира Козака с должности генерального директора "Укрзализныци" в связи с избранием его депутатом Верховной Рады от Партии регионов. С 9 ноября исполняющим обязанности гендиректора являлся первый заместитель гендиректора Николай Луханин.